A făcut milostenie până la ultimul bănuț ce-l avea. După moartea sa, se spune că părinții ce-l îngrijeau au găsit în chilie doar doi lei. Probabil că și pe aceea i-ar fi dat, dar nu a mai avut răgaz. A trebuit să răspundă chemării Mântuitorului Hristos. Fără a greși, zic că l-a jelit o națiune întreagă. Românii credincioși și patrioți au pierdut atunci un model greu de egalat, dar au câștigat un sfânt în ceata drepților.

După sfârșitul pământesc al ierarhului au demarat pregătirile pentru slujba pogribaniei, statornicită pe 28 ianuarie, zi de luni. Din ordinul Regelui României, Carol I, înmormântarea mitropolitului Iosif s-a făcut pe cheltuiala Statului, primarul oraşului Iaşi, juristul Constantin B. Pennescu, mare iubitor de cultură și bun prieten cu vlădicul decedat, fiind delegat să întocmească programul funeraliilor. Neîntârziat s-a început pregătirea mormântului în curtea Mitropoliei, în partea de miazăzi a catedralei, loc indicat de însuşi mitropolitul Iosif cu doi ani în urmă când și-a întocmit testamentul.

Chiar din ziua decesului cancelaria Sfintei Mitropolii a trimis înștiințări marilor mănăstiri din cuprinsul întregii mitropolii, precum și protoieriilor din jurisdicția Arhiepiscopiei Iașilor prin care se dispunea ca în toate bisericile să se sune clopotele până în ziua înhumării ierarhului, precum și oficierea slujbelor rânduite pentru sufletul chiriarhului repausat. De la București, Mitropolitul Primat Iosif Gheorghian a dispus săvârșirea celor necesare pregătirii trupului venerabilului mitropolit pentru înmormântare. După ce a fost înveșmântat în toate odăjdiile arhierești și așezat într-un jilț, așa cum prevede tradiția, vlădica Iosif a fost depus pe un catafalc, în catedrala de el ctitorită pe care a iubit-o nesfârșit și pentru care a trudit nețărmurit.

Regele a numit prin decret regal locțiitor de mitropolit al Moldovei pe Episcopul Partenie Clinceni al Dunării de Jos, care va fi și ales succesor în secularul tron al marilor ierarhi ai Moldovei. Acesta a ajuns la Iași, duminică dimineață și a asistat la Sfânta Liturghie celebrată de arhiereul Conon Băcăuanul înconjurat de slujitorii catedralei mitropolitane, dar și clerici din administrația eparhială. După săvârșirea liturghiei a urmat îndătinatul trisaghion oficiat de locotenentul de mitropolit al Moldovei alături de ceilalți episcopi prezenți sosiți pentru slujba de înmormântare. După săvârșirea slujbei i s-a îngăduit poporului să vină și să privegheze la căpătâiul celui ce le-a fost un bun arhipăstor. Sute de oameni s-au perindat pe la catafalcul mitropolitului Naniescu. S-a format un pelerinaj al recunoștinței și dragostei față de cel care a știut să facă din milostenie poartă către Cer. Multe flori și noian de lacrimi s-au revărsat lângă trupul care aștepta întoarcerea în pământul din care a fost luat, în timp ce sufletul să se înfățișeze înaintea lui Dumnezeu. Decesul milostivului vlădică de pe scaunul eparhiei moldave a declanșat un val emoționat de elogieri care s-au scris în diferite publicații centrale și locale. Se făceau referiri în știri de primă pagină la viața și lucrarea prolifică a acestuia în ogorul Domnului.

A sosit ziua rânduită. Toate erau pregătite. Dimineață s-a oficiat dumnezeiasca Liturghie. A slujit Episcopul Partenie Clinceni, alături de Gherasim al Romanului și Conon Băcăuanul. Soborul a fost completat de slujitorii catedralei mitropolitane și câțiva clerici din cancelaria eparhială. Fiind iarnă mulți ierarhi nu au putut ajunge, dar au trimis telegrame de condoleanțe. Dintre acești amintim pe Mitropolitului Bucovinei, Arcadie Ciupercovici, care va trece la cele veșnice foarte repede după chiriarhul de la Iași, pe 5 martie. Au mai trimis mesaje Mitropolitul Transilvaniei, Ioan Meţian, Episcopul Gherasim al Argeşului, Episcopul Aradului, Iosif Goldiş, Nifon Ploieştenul, Pimen Piteşteanu, Sofronie Craioveanu și alții.

După terminarea dumnezeieștii Liturghii, ierarhilor prezenți li s-au mai adăugat arhiereii Silvestru Bălănescu al Hușilor, Calistrat Bârlădeanul, Meletie Gălăţeanul şi Calist Botoşăneanul. La ora 11 cei șapte arhierei înconjurați de un sobor de 64 de preoți și 8 diaconi au început slujba pogribaniei. După dorinţa exprimată de răposatul mitropolit, i s-a făcut rânduiala prohodului călugăresc. La slujbă au asistat numeros popor, clerici, călugări, călugărițe, elevi ai Seminarului Teologic din Iași, numeroși studenți, dar și delegatul Casei regale a României, colonelul Alecu Mavrocordat, delegatul Guvernului României, Spiru Haret, Ministrul Cultelor și Instrucțiunii Publice. Mai era prezent delegatul Academiei Române, profesorul Constantin Erbiceanu, dar și alți reprezentați ai autorităților centrale și locale.

„Din gura şi mâna lui, bătrâni şi tineri, femei şi copii, creştini ortodocşi şi creştini de alte rituri precum şi mozaici primeau mângâierea sufletului şi hrana trupului”

După îndătinata slujbă de înmormântare au urmat cuvântările. Prima a fost ținută de către Ministrul Cultelor, Spiru Haret, în numele guvernului, reamintind celor prezenți figura luminoasă a mitropolitului: „Bun, blând, îngăduitor, Mitropolitul Iosif ne-a dat la toţi pildă vie de iubirea de