Mănăstirea Vatoped se află la mijlocul țărmului de nord al peninsulei Athos, pe o colină la capătul de est al golful Strymonic. La est se învecinează cu zona Mănăstirii Pantocrator, la sud-est cu cea a Mănăstirii Xenofont, la sud cu zonele Mănăstirilor Konstamonitu și Dohiar, la sud-vest se învecinează cu zona Mănăstirii Zografu, iar la nord-vest cu cea a Mănăstirii Esfigmenu.